20世纪90年代初，市场经济改革的春风吹遍神州大地。经济体制发生变化，传统的“集约式”“管制型”管理思维、模式与新的市场经济及社会形态已然不相适应，深层次矛盾日益浮现并日趋尖锐。
1998年机构改革提出目标“要建立办事高效、运转协调、行为规范的行政管理体系，完善公务员制度，建设高素质的专业化国家行政管理干部队伍，建立适应社会主义市场经济体制的有中国特色的行政管理体制”。
一举撤销了电力工业部、化学工业部等10个计划经济意味浓重的工业经济管理部门，这是转变政府职能改革中具有里程碑意义的事件。2003年机构改革在原有基础上进一步重组政府机构，建立了银监会、国资委、食品生产安全监管局等更符合市场需要的相关机构。
第三个阶段始自2013年。中国已意识到要“加快行政管理体制改革，建设服务型政府”。党的十八届二中全会《公报》指出，要“贯彻党的十八大关于建立中国特色社会主义行政体制目标的要求，以职能转变为核心，继续简政放权、推进机构改革、完善制度机制、提高行政效能，稳步推进大部门制改革”。
2013年3月，十二届全国人大一次会议审议通过《国务院机构改革和职能转变方案》，重点是围绕转变职能和理顺职责关系，稳步推进大部门体制改革。
