1988年机构改革面临的问题是，上次改革后，机构重新膨胀，1986年底已超过70个，各地增设机构比中央更多。此次改革，国务院机构数量由72个调整为65个，人员编制比原来减少9700多人。
1993年，精简与膨胀往复循环。1990年代初，国务院机构数量最多时高达86个。在条块体制下，地方政府体量也急剧膨胀。
1991年末，我国各级政府工作人员数量多达920万人，行政管理经费开支370多亿元，约为当年国家财政总支出的37%，负担很重。经改革，国务院部委、直属机构、办事机构减至59个，后又陆续减为40个。
1998年机构改革是历次机构改革中精简力度最大的一次。国务院组成部门进一步削减为29个，各部委内设或下属司局级机构共减少200多个，工作人员数量“腰斩”，由3.2万人减至1.6万人。省级政府部门机构减少五分之一，人员平均精简47%。
2003年机构改革中，国务院29个组成部门（办公厅除外）减少到28个。此次改革整体改革没有取得实质进展，尤其是地方改革未深入展开，一些措施比较表面。
2008年机构改革涉及调整变动部门15个，正部级机构减少4个。除办公厅外，国务院组成部门27个。总数上变化并不大，但是进行了一些职能整合。
