然而,到了1980年代,随着苏联陷入阿富汗战争泥潭,中央对加盟国的控制力开始大幅减弱,内部民族矛盾开始爆发。
生活在纳卡地区的亚美尼亚族人长期对阿塞拜疆政府不满,对当地经济和生活条件都有很大意见,所以他们一直谋求将纳卡并入亚美尼亚。1988年6月,亚美尼亚最高苏维埃表示同意接管纳卡州,但阿塞拜疆方面坚决拒绝变更领土的任何要求。
当时的苏联最高苏维埃也不同意改变纳卡州的归属。与此同时,纳卡州境内的亚美尼亚人和阿塞拜疆人的冲突却愈演愈烈。苏联解体后,冲突演变为阿塞拜疆和亚美尼亚两国的战争,亚美尼亚由于和俄罗斯关系较好,一直占领着纳卡及其附近地区。
对于这种状况,阿塞拜疆一直非常不满,双方多次爆发军事冲突,但由于亚美尼亚背后一直有俄罗斯支持,阿塞拜疆长期无法改变局面。然而,前几年亚美尼亚内部发生政治改革,亲西方势力上台,这让亚美尼亚与俄罗斯的关系出现了裂痕。