1923年1月15日,李登辉出生于台北州淡水郡三芝庄,父亲是警察。岛内一度怀疑,他从血统上就是一个日本人。李敖就曾在文章中揶揄,“李金龙(李登辉父亲)矮矮的,李登辉高高的,两个人除了都是一样上男厕之外,其他没有一点相像。”
在淡水公学校高等科、私立淡水中学就学时,李登辉就对日语《古事记》《源氏物语》《平家物语》耳熟能详,他的“国语”(日文)考试能得满分。
1941年,李登辉考上台北高等学校,同学40人中仅有三四个是台湾人,台湾人明显受歧视,但李登辉的感觉不一样,“我并没有曾遭受什么歧视,反而感觉老师比较疼我,我同学中也没有人公开对我说过什么奇怪的话,在自由的校风下,我乐于和同学讨论,努力用功读书”。
1943年6月,因为受到战争影响,李登辉从高等学校提前半年毕业,因为衷心佩服日本的农业经济学专家新渡户稻造,他选择进入京都帝国大学农学部农林经济学科学习,这对李登辉是莫大的“恩典”,在准备进入大学的过程中,李登辉详细阅读了新渡户稻造所有的论文与著作,尤其对《武士道》一书佩服得五体投地。
后来在他的《新·台湾的主张》当中,李登辉总结心目当中的“日本精神”,说这是“台湾人在接受日本统治时学到的,也是日本战败后从中国大陆过来的中国人身上看不到的,台湾人引以为傲的精神,日本精神代表勇气、诚实、勤勉、奉公、自我牺牲、责任感、守法以及清洁的精神”。
在京都帝国大学仅仅学习了一年零两个月,因日本本土形势紧张,李登辉进入陆军大阪第四师团当兵,任职帝国陆军少尉,正逢日本战败,因为武士道的影响,李登辉参加日军是高度自觉与自愿的,他说,武士道的真谛就是发现死是什么,为了自己的国家,就算战斗到死也无怨无悔”。