然而,在80年代后期,中美之间的意识形态和价值观摩擦开始逐渐浮现。一方面是因为中美之间意识形态的差异性随着双方交往的加深而更加凸显;另一方面,更重要的原因是苏联外交政策的调整使得中苏、美苏关系同时得到改善,中美之间合作对抗苏联的战略因此削弱。在此背景下,美国开始指摘中国的计划生育政策、西藏等问题;中国也对美国的"精神污染"以及美国时常对中国政治经济发展提要求的举动感到不满和不安。在某种意义上,苏联固然是当时中国的重大外部威胁,但是美国对中国内部秩序带来的挑战或许更为严峻。
1989年苏东剧变使得意识形态和价值观的矛盾一时间主导了中美之间的双边关系。在这段时期,美国对中国进行指摘的议题领域有所扩展,包括了所谓计划生育、"劳改产品"、宗教信仰自由等众多议题。同时,美国针对这些矛盾和分歧的处理方式也更具有对抗性。美国国务院的年度《人权报告》自1990年开始把中国作为主要批评对象之一。在联合国人权会议上,美国也从1990年起不遗余力地带头提出反华提案,但是均未通过。1995年的中美交锋最为激烈———美国等西方国家在联合国第51届联合国人权会议上提出的反华提案唯一一次进入实质性表决阶段,但最终中国以一票险胜。在这段时期,意识形态和价值观影响中美关系的标志性事件就是克林顿政府决定于1993—1994年把中国的最惠国待遇与人权状况挂钩。尽管次年克林顿政府就意识到"挂钩"政策完全不可行,但是"挂钩"提案本身就反映了人权和意识形态议题在当时中美关系中的分量。值得一提的是,在1997—1998年江泽民和克林顿的中美元首外交中,双方曾就人权、西藏和"天安门事件"等问题进行了相当坦率和公开的交锋。克林顿表示,与人权有关的问题的确是中美双方近期的主要分歧;江泽民指出,中美由于社会制度、意识形态、历史传统和文化背景的不同,双方自然对于人权和自由的理解也不尽一致。
另一方面,克林顿政府在其第二任期时决定加强对华接触战略,支持中国加入世界贸易组织,美国重拾了在1989年之后一度冷却的对华经济、政治发展的期望。在游说美国国会支持中国加入世贸组织的最后关头,克林顿表示,加入世贸组织意味着中国选择改革之路,美国期待这很有可能会给人权和"政治自由"带来深远的影响。
小布什上任之初,中美关系经历了短暂震荡,但是"9·11"恐怖袭击改变了美国国家安全优先次序,也改变了中美关系。在全球范围内打击乃至根除恐怖主义、保护美国本土和盟国安全,成了美国国家安全的头等大事。在2002年初的国情咨文中,小布什说道:"一个共同的危险正在消弭传统的(大国)争斗。"美国2002年的《国家安全战略报告》也指出,"9·11"事件从根本上改变了美国与其他大国互动的大背景,为大国合作开辟了广阔空间。在"9·11"恐怖袭击发生后,中国在外交、情报、金融等方面为美国打击恐怖主义提供了一系列协助。随着中国影响力的上升,2005年美国又提出"负责任的利益攸关方"的概念,希望中国共同维护现存国际秩序。中美建立了高层/战略对话和战略经济对话,中国也开始更加积极地参与全球经济和安全治理领域的各个议题。尽管无法像冷战时期应对苏联威胁那样为中美关系提供较强的战略依托,但打击恐怖主义和参与全球治理至少表明,中美之间有重要的共同战略利益。