1927年，他开始策划成立了教育基金会，这个基金会干什么呢？就是他可以给中国人教授西医的学校赞助，但是有一个条件，就是你必须给这些学生，并通过这些学生给中国人让他们放弃他所定义的“安全有效廉价的中医”，而相信昂贵的西药。从商品竞争角度讲，如果中医是安全有效廉价的，那么它的竞争实力就是强的，可是他是怎么绕开这点的呢？就是他打着“科学”的旗号说中医不科学。
这样就绕开了中医最具竞争力的方面。从思想上让老百姓知道科学是最好的东西，中医不科学，所以中医不好。这样就使得自古以来为中国人所发展的中医学逐步消亡。
当时的民国时期，在高举“科学”与“民主”的旗帜下，反对中国传统文化，是非常时髦的事。甚至出现“废止中医”风波。
1921年2月23日，国民政府中央卫生委员会在南京召开会议，通过了余云岫的“废止旧医以扫除医事卫生之障碍”提案。
1929年2月23日至26日，南京卫生部在汪精卫的授意下召开了一次会议，与会者包括褚民谊、颜福庆、伍连德等当时的医界名流共14人。余云岫以中华民国医药学会上海分会会长的身份参加了会议。这次会议没有一位中医人士参加。3月2日，余云岫主编的《社会医报》出版中央卫生委员会特刊，公布“废止中医案”。其主要内容是：
第一，中医注册截止到民国十九年，即1930年以后就不许注册了。这样的话，行医的死一个少一个，以后就没有中医了。
第二，取消所有的中医学校。
第三，取缔所有相关的中医报刊杂志。
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