日本汉方医学和中国中医是同根同源、同根异枝。
虽然在近1000年的时间里汉方医药保护了日本人的健康，但近代以来却受到极大挑战，甚至一度被抛弃。
大航海时代到来后，葡萄牙人、西班牙人、荷兰人等相继来到日本。日本起初还把他们称为“蛮人”。但有些具有探索精神的日本医生发现，和粗糙的中医人体图谱相比，即使看不懂“蛮人”的文字，他们的人体解剖图却更为精准。中医不再是绝对的权威。
一场战争更是动摇了政府对中医的态度。
1853年、1854年美国佩里舰队两次“叩关”，砸开了日本的国门。日本开明派也逐渐认识到西方文明的先进性。
明治天皇即位后力推改革，在1868—1869年“戊辰战争”中打败幕府军队。这时的战争已不是冷兵器时代的大刀长矛，而是用上了火枪火炮，死伤规模更大。随军的老中医束手无策，但从英国使馆招聘来的西医挽救了很多士兵的生命，很多人很快恢复，又投入战斗。
明治维新，可以说就是日本抛弃源于中国的文明，全面拥抱西方文明的过程。
西医“理所应当”地取代了中医。
日本政府“封杀”中医：师资格考试科目都是西医内容，废止汉方药馆，禁止汉方自由买卖，只有持有西医执照的医生才能开中药…
中医药在日本复兴
明治维新后的几十年里，日本学校不再教汉方医学。
到20世纪70年代后，情况发生了变化。
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