清末民初，由于清政府一直采取以洋压汉的政策，尤其是慈禧与光绪相隔一天死亡的事实，太医院被废置，中医就此不被重视。此时，大量的官派留学生归来，其中学习西医的学生基本上是一致反对中医的。然而，从历史上看，早在“甲午战争前中西医之争就已开始，当时只限于学术之上，加之早期的西医几乎全是外国传教士，也不便公开与中医为敌。……废止中医之争始于清末，但仅出于民间，到1916年余云岫出版《灵素商兑》大肆否定中医并非偶然。然始创由政府职能部门进行废止中医，还是在1928年原协和医学院院长及中华医学会会长刘瑞恒当上南京政府卫生部副部长之后。他采取行政手段，照余云岫等人主张，废止中医。而余云岫于1934年主编《中华医学》杂志5年之久，大块的反中医的文章曾在该杂志上发表。
……1928年底，刘瑞恒于中华医学会会长任满，转而充当南京政府卫生部副部长，其背景即在美国人的支持”。“废止中医案”之所以能在当时的卫生部通过，主要与会的人均是留学归来的学习西医者，如主持人刘瑞恒系留美学习西医者，余云岫系留日学习西医者，余下的均是留学美英学习西医者。自1929年2月，南京政府召开第一届中央卫生委员会，由卫生部副部长刘瑞恒主持，与会17人中没有一位中医。这次会上通过了“废止中医案”。当中西医之争由民间讨论走到了以行政手段进行废止中医的境地时，中医存亡之事就成为了一件有关中华民族文化存亡的政治大事。
1950年新中国卫生部召开的第一届全国卫生会议，也是副部长兼党组书记的贺诚及副部长王斌，将南京政府时期废止中医案的主要人物余云岫邀请来参加会议，并支持他废止中医的观点。
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