要进一步了解西医与中医的差异，我们还需要从历史文化背景去考虑。
西医作为西方文明体系的一个组成部分，是秉承着西方文明的基本理念发展起来的。笔者认为，西方文明的根源，要追溯到古希腊，尤其是亚里士多德的若干学说。亚里士多德的实体学说孕育了西方文明的主客对立式的哲学思维，他的三段论则启蒙了西方文明的形式逻辑，形式逻辑与客观实验共同构成了西方文明的方法论。古希腊文明通过文艺复兴获得了再生与发展，在这样的大背景之下，1543年维萨里发表了《人体构造》一书，建立了人体解剖学，可算是西医初试啼声。1673年左右，列文虎克用自制的显微镜首次发现了细菌，为研究微生物打开了大门。1761 年莫干尼发表了《疾病的位置与病因》，证明了症状与身体病变位置的关系，奠定了病理解剖学的基础。19世纪末到20世纪初，科赫证明了细菌是某些疾病的病原体，并创立了“科赫原则”作为微生物学研究方法沿用至今。
19世纪中叶以后，解剖学的细化和麻醉法、防腐法、无菌法的应用，推动了外科手术的迅速发展，使它成为西医的重要治疗手段。1928年弗莱明发现了青霉素，而后经过弗劳雷、钱恩进一步研究而成功用于临床，从此西医获得了另一重要武器——抗生素。通过以上对西医历史的回顾，我们发现，西医是以还原论为指导思想，以人体微观世界为视角，以解剖生理学、组织胚胎学、生物化学与分子生物学为基础学科，以西药（化学药品和生物制品）、手术等为主要治疗方法的一门实验医学。
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