赴美留学签证受阻的同时，中美在教育、科技交流方面的合作也屡受波及。去年下半年以来，美国国立卫生研究院（NIH）启动针对华人学者的大规模调查。
中国实施十余年的人才招募计划"千人计划"成为此次调查的重点。今年早些时候，美国MD安德森癌症研究中心、埃默里大学对数名华人学者采取调查行动，其中埃默里大学医学院知名华人生物学家李晓江夫妇在没得到事先通知的情况下直接被解雇，并被指控没充分公开来自国外的研究经费以及在中国的工作范围。MD安德森癌症研究中心亦根据NIH的要求，开始调查其机构内的5名华人学者。
上述调查会进行到什么程度，什么时候结束仍不确定。NIH 副主任劳尔今年7月向《科学》杂志表示，NIH已将来自55家单位的180余名学者列为调查对象，具体调查结果尚未出来。联邦调查局局长克里斯托弗·雷则称，正在对1000多起涉及知识产权的案件进行调查，并将矛头指向中国，以及来自中国的人才招募计划。
2018年以来，美以反间谍为由吊销或重新审查中方赴美人员签证，从自然科学向社会科学领域扩散。
同年11月1日，美国司法部启动了一项针对中国的计划——中国倡议（China Initiative），调集大量人力来调查并起诉华人科技人员和相关企业。该计划公布的材料直截了当指出，"此举主要应对中国的快速崛起"。计划指南中有一条内容主要针对美国的科研，"我们应让美国的大学了解其正在遭受学术自由的威胁"。
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