深圳、澳门和香港三座机场在空域方面的冲突最严重。
由于香港机场跑道和深圳机场及澳门机场的跑道近乎垂直，香港机场的起降航道会干扰另外两座城市的起降航道，这会限制机场的航班起降能力。
香港有声音指出，香港国际机场正在扩建的三跑道航道将与内地空域重叠，假如内地对放宽空域不作让步，三跑道工程可能难以发挥作用。
此外，中国的空域资源实行严格的管制，并未完全放开，在珠三角上空有大大小小的禁飞区，这是民航飞机决不能进入的区域。
由于大湾区的机场流量大、空域复杂紧张，大批中外航空公司包括南航、阿联酋航空、卡塔尔航空、埃航等受空域容量的限制，难以增加航班。
珠三角新干线机场之所以选址在珠三角边缘的佛山高明，广州第二机场选址考虑增城而不是南沙，很大程度上也都是由于空域空间的考虑。
开建跑道容易，让飞机能飞起来却是大问题。如果未来不能规划好大湾区的空域资源，各大机场的设计容量未必能够实现。
