“红旗河”方案意义重大，线路设计非常巧妙，边界条件非常好。沿线复杂的地质和构造问题确实是工程的难点，但总的来说都有应对方法。我们不能畏首畏尾、彷徨懈怠，要扎实研究、勇于创新、突破难点，积极推进“红旗河”方案，为我国的生态建设、粮食安全、经济发展做出贡献。
中国科学院院士、中国地震局地球物理研究所名誉所长、地球物理学家陈运泰认为：
地球科学工作就是要帮助工程设计趋利避害，在地震带上进行工程建设是有大量的理论和经验积累的。我们应该积极去研究、解决其中涉及的具体问题，不能一想到困难就束手无策。希望能积极推进“红旗河”西部调水方案，为中华民族伟大复兴的中国梦做出贡献。
中国工程院院士、中国水利水电科学研究院副院长、河流动力学与江河治理专家胡春宏分析：
调水对主要河流泥沙输移、河势变化、河床演变的影响，讨论了“红旗河”与西北内陆河流相互作用和治理问题，对“红旗河”在相关方面的设计给予了充分肯定。
之前，中科院院士、清华大学水沙科学与水利水电工程国家重点实验室主任王光谦表示，这项工程结束后，新疆最少可生活2亿人！以荒漠为主的新疆将由此改变，一定会成为祖国最美的大花园。
红旗河贯通后，借助这一水资源综合利用与开发，包括发电、灌溉、旅游、防洪与航运、国土利用等综合效益等，可以根本扭转西部缺水局面。有望一举解决影响我国国民经济可持续发展的资源瓶颈问题、能源安全问题、粮食安全问题、以及就业稳定问题等。
