中国工程院院士、中国水利水电科学研究院水资源所名誉所长、水文与水资源学家、流域规划专家王浩认为，红旗河方案设计巧妙，是一个全新思路，是切实可行的方案，没有太大的技术障碍，具有十分重要的意义。我国正处于一个大有可为的历史机遇期，有信心、有能力完成这样的工程。
中科院院士、中国科学院地质与地球物理研究所研究员、地球物理学和地球动力学专家滕吉文认为，红旗河确实是一个千秋伟业。沿线复杂的地质和构造问题虽然是工程的难点，但总的来说都有应对方法。我们不能畏首畏尾、彷徨懈怠，要扎实研究、勇于创新、突破难点，积极推进红旗河方案，为我国的生态建设、粮食安全、经济发展做出贡献。
滕吉文说，红旗河对于新疆地区的意义他深有感触。有一次他去新疆麦盖提县，县委书记见到他就说，“我真怕我们这个县将来被沙漠吞没，沙子在向西推进啊”。就此来说，这条水道实施后不仅能缓解我国西北广大地域的干旱、灌溉开发大量农田、优化生态环境，而且一些民族问题也可以大大改善，有助于形成一个各民族团结、和谐共处的中华大家庭。
红旗河流经的雅鲁藏布江流域和龙门山地震带、横断山脉、四川盆地边缘直到六盘山以西地带，都是一个构造复杂、灾害比较多的地方，构造异常活动、强烈地震频频发生，灾害多发。要提前做好这组区带的预防和论证工作。
对于三条支线来说，没有什么大的障碍或者灾害，相对上述地域而言，构造、地震等均较简单。
