德川幕府如临大敌，派出数百艘小舟将美国舰队团团围住，一艘小舟靠前，要求美军长官下船说话。稍后，双方约定举行会谈。
这时，日本的实际统治者征夷大将军德川家庆病重，无力处理国家大事，其他官员不知该如何回复美国总统的国书，他们希望佩里给予一年宽限期，佩里表示尊重日方的请求。7月17日，美国舰队离开日本前往中国，打算明年再来日本。
美国舰队离开日本没几天，德川家庆就离世了，他的第四子德川家定继任征夷大将军。佩里明年再来日本的约定，给德川家定造成很大压力，身体虚弱的德川家定把对美交涉任务交给老中首座（注：幕府官职名，主持幕府政务）阿部正弘全权处理。
1854年2月8日，佩里率舰队第二次来日。幕府临时任命林复斋为大学头（相当于外务大臣）同美国舰队交涉。
这回佩里对日方强硬表示，如果这次日本不签署条约，就无法避免战争，在佩里的战争威胁下，幕府十分不安。
