针对"总统避难室"相关报道，台湾"国防部"回应称，有关"总统"安全维护与战时行使指挥权的位置，主管机关有缜密规划，"惟事关元首安全，不宜公开讨论或说明"。
有台媒称，相关设想与解放军去年在"朱日和"军演中模拟特种部队攻占台湾"总统府"有关，加上国际恐怖组织也盯上台湾，领导人在"总统府"的安全维护因此格外受到重视。
去年7月5日，中央电视台《军事报道》栏目在报道刚刚结束的"跨越-2015·朱日和C"演习的画面中，出现了一幢红白两色的大型建筑物，其外形结构与台湾地区所谓"总统府"高度相似，引发台湾方面紧张，并据此解读大陆军演主要是模拟攻台。不过大陆国防部回复说，这是一次年度例行性军事演训活动，不针对任何特定目标。
即将执政的绿营对新"总统避难室"并不看好。《自由时报》称，新避难室有其阶段性的功能必要性，但从长远来看，"总统府"迁离"博爱特区"的议题，实在有必要加以思考。"总统府"是历史建筑，就算有特殊的安全需求，也不太适宜在里面敲敲打打、加装改装，加上周边安全纵深不足，防卫能力有待加强，一旦成为不肖人士或敌对组织有计划性的攻击行动对象，很难想象会发生什么样的后果。
据了解，以"总统府"为中心的"博爱特区"，过去因为有许多"国防"单位办公，可以为"总统府"提供拱卫中枢的支撑能量，特区也因此弥漫军事色彩，但在"国防部"迁至台北大直后，"博爱特区"风格转变，俨然成为"司法特区"。
2014年1月，"总统府"被砂石车冲撞，凸显出其安全维护上的漏洞，"总统府"迁离"博爱特区"的议题也再度浮上台面。
事实上，早在李登辉主政时期，就曾提出规划案，要在大直要塞区内兴建新的"总统府"，甚至连相关预算都已初步规划，但卡在政治问题难以形成共识，最后不了了之。
