相关民事判决书显示，2006年11月16日，锦坤公司因欠银行借款，连续惹上两场官司：湘潭县农村信用合作联社向湘潭县人民法院起诉，追讨两笔分别为132.5万元、60万元的借款及相关利息。立案当天，湘潭县法院应湘潭县农村信用合作联社申请，对锦坤公司相关资产进行了查封。
此时，祁锦坤和他的妻子欧阳敏突然失踪了。按照2016年改判无罪的判决书的说法，祁当年的失踪是因为无力归还贷款及私人借款。祁锦坤的弟弟祁金湘则回忆说，“公司的财产至少值400多万，他们当时主要是为了躲高利贷，大约90万元左右，同时也是想办法去广西那边融资。”
而随后，2006年11月28日，湘潭市商业银行也向湘潭县法院起诉，向锦坤公司追讨100万元贷款及相关利息。
但在民事起诉一个月之后、贷款到期的次日，湘潭市商业银行又以祁锦坤涉嫌合同诈骗，向湘潭市公安局报案。2007年1月17日，湘潭市公安局对祁锦坤以涉嫌合同诈骗罪立案调查。
随后，祁锦坤被改为以涉嫌犯贷款诈骗罪提起公诉。湘潭县检察院指控他“向湘潭县农村信用合作联社下属的响塘乡信用社贷款的60万元和向湘潭市商业银行贷款的100万元，使用虚假的证明文件，属于超出抵押物重复担保、贷款期限届满后逃匿不偿还”。
