第三次危机发生于1985-2003年间。
表现为防疫部门无法得到足够的财政拨款。主要原因在于政府忽略了卫生事业,政府卫生支出占卫生总费用的比重急剧、大幅下滑。1985年,国务院为卫生防疫部门收取劳务费与成本费打开大门。此后,有偿服务逐步演变为疾控机构主要的筹资渠道,而这一做法在国际上极为罕见。
以2002年为例,全国各级疾控中心的收入来源中,有偿服务占比高达72%。这使得四级国家卫生防疫体系日益脆弱,同时原有的三级基层医疗预防保健网逐步瓦解,“重医轻防、重有偿轻无偿、重收益多轻收益少”的现象突出,最终暴发了非典危机。
2003年以后,党中央、国务院提出3年内建立健全疾病预防控制体系的要求,各级疾控中心的财政投入迅速增加,疾控中心硬件条件大幅改善。
此后10年,各级疾控中心房屋建筑总面积增加了478.7万平方米;人均建筑面积为63.3平方米,比2002年上升了66.9%。全国疾控中心平均每个机构的设备资产总值累积增加了约71.3亿元;实验室万元以上仪器设备配置增加了16.7万台,增幅为192.6%。
我国还建成全球最大的、纵向到底(乡级以上)、横向到边(所有卫生机构)的传染病疫情和突发公共卫生事件网络直报系统,疫情信息从基层发现到国家疾控中心接报,时间从5天缩短为4小时。第三次危机随之结束。