第一次危机发生于1958-1961年间。
表现为防疫站的相对数量持续下滑,主要原因在于一些地方将卫生防疫站、专科防治所与卫生行政机构、医疗保健机构合并(“三合一”、“四合一”)。这导致防疫机构的专业工作受到影响,造成部分传染病回升。这次危机随着1962年党中央“调整、巩固、充实、提高”八字方针的提出而结束,卫生防疫体系逐步恢复到正常发展轨道。
第二次危机发生于1967-1971年间。
表现为防疫站的绝对数量与相对数量双双下降,主要原因在于文革初期由于机构精简,很多地方的卫生防疫机构被撤销,合并到卫生行政部门或医院。这次危机使卫生防疫体系遭受严重影响,导致疫情大幅回升,甚至出现暴发流行的情况。
例如,流行性脑脊髓炎发病累计达300万人以上,发病率为403/10万,病死率为5.49%,苏、鲁、豫、皖、鄂五省的疟疾发病人数达2000万左右。文革后期,四级国家防疫体制逐步恢复,农村地区逐步实行农村合作医疗制度,形成三级医疗预防保健网,有效地促进了疾病预防控制工作在农村地区的广泛开展,这次危机宣告结束。