被火箭选中之后，周琦并未马上加盟NBA，而是留在CBA的新疆队再打一年，帮助球队获得队史首个CBA总冠军。2017年4月下旬，周琦奔赴休斯顿，一边进行特训，一边恢复身体。之后，莫雷宣布周琦将登陆NBA。
2017年7月8日，周琦正式签约火箭。根据报道，周琦与火箭签署的是4年总价值557万美元的底薪合同，其中仅首年81。6万美元是受保障的，后三年都是非保障的。
2017年10月22日，在火箭对独行侠的比赛中，周琦迎来首秀，打了7分钟，没有得分，但抢到了3个篮板，送出1次盖帽。
2017年11月2日，火箭对阵尼克斯，周琦打了4分31秒，3投1中，罚球2中1，得到3分，这是他首次为火箭得分。
2017年11月7日，火箭将周琦下放至发展联盟的毒蛇队，这是周琦首次被下方。而没想到，此后，周琦就频繁在火箭和毒蛇之间奔波，他在发展联盟打的比赛比在NBA的还要多。
2017年11月25日，周琦在发展联盟的一场比赛中遭遇左小腿的伤势，他被火箭召回到休斯顿养伤。为火箭效力期间，周琦多次受伤，伤病也是阻碍他发展的关键因素之一。
2018年12月18日，周琦加盟火箭一年多，难以获得机会，一共就打了19场比赛，最终遭到裁员。
周琦惨遭火箭裁员 两赛季仅打了19场
在2016年选秀大会上，周琦在第二轮总第43顺位被火箭选中，他在2017年夏天登陆NBA，当时与火箭签下了一份为期四年价值557万美元的合同。本赛季周琦的薪水是1378242美元，但并不是保障性的，而且他合同后三年都不是保障性的。
本赛季周琦仅为火箭打了1场比赛（10月31日主场对阵开拓者），那场比赛他打了最后57。3秒，1投1中得到2分。谁能想到，那场比赛竟然成为周琦在本赛季的唯一比赛，也成为他火箭生涯的谢幕战。
周琦本赛季在火箭的表现，早已令中国球迷对他的NBA前景感到担忧，可是当火箭做出这个裁员的决定的时候，相信中国球迷仍然会感到惊讶和失望。
加盟火箭的这两个赛季里，周琦总共打了19场比赛，期间场均出场6。6分钟，得到1。3分、1。2个篮板、0。7个盖帽、0。1次助攻和0。1次抢断，投篮命中率为21。2%、三分球命中率为10。5%、罚球命中率为66。7%。
这两个赛季里，周琦还为火箭发展联盟下属球队里奥格兰德山谷毒蛇队打了31场比赛，期间他在场均26。3分钟的出场时间里，能得到11。2分、7个篮板、2。3个盖帽、1。3次助攻和0。6次抢断，投篮命中率为51。3%。
