目前，除了几个合作项目外，郑晓廷还独立承担一个国家科学自然基金项目：下白垩统热河群鸟类化石形态和分类学研究。
郑晓廷看照片看得特别仔细，一张一张的放大，耐心地观察。他说，这是他目前工作的常态，他有对抗这样枯燥工作的方法，就是每40分钟会起身，打一套自创的拳法。
郑晓廷之前的大部分研究成果，都是来源于这样的观察。
2015年，郑晓廷团队与中国科学院古脊椎动物与古人类研究所研究员徐星等专家合作，对来自河北约1.6亿年前的一件奇翼龙化石开展研究。结果发现，奇翼龙的前肢和后肢上长有一种特殊的、僵直长丝状羽毛，棒状骨与手指间具有皮膜。
这是人类首次发现具有皮膜翅膀的小型恐龙。这一成果发表在《自然》上，它还被评为中国2015年十大地质科技进展，代表着中国学者在鸟类起源研究方向上再次取得新成果。
提及最初接触古生物学时，郑晓廷说，他一开始也不知道从哪里下手，所以广撒网，买回了很多书，无论是鸟类、爬行类、哺乳类，有关研究者的文献等都找来学习。掌握一定的基础知识后，郑晓廷决定亲手解剖，以了解相关动物的骨骼结构。
郑晓廷亲手解剖了上百只鸡、鸭、鱼、鸽子等，而博物馆食堂的菜单，也因此“被动”增加了这些食材——都是郑晓廷解剖研究之后剩下的。
一位工作人员回忆，有一段时间他们甚至天天吃鸵鸟肉，郑晓廷先后买回了好几只人工饲养的鸵鸟解剖，大量的鸵鸟肉让博物馆的员工们“苦不堪言”。
这位员工还回忆，那段时间郑晓廷对解剖的爱好到达极致。博物馆两栋楼之间通过透明的玻璃桥连接，间或有飞鸟撞死在玻璃桥下，郑晓廷每每都是将死鸟带回办公室解剖。有一次，临沂动物园死了一只秃鹫，郑晓廷听闻后，带人到掩埋地将这只已经死了十多天的秃鹫挖了回来，一并拉回的还有一头死了四十多天的长颈鹿。当时正值盛夏，气味尤其难闻，但郑晓廷不管不顾，在博物馆主楼后面的空地上，一块一块地解剖研究。
作为当代中国最著名的恐龙专家，徐星认为郑晓廷身上有着古生物学起源时研究者的影子。古生物学最初出现在欧洲的有闲阶级中，这些人物质上得到了满足，因为好奇和兴趣，开始挖化石、了解生物。
一次接受媒体访问时，徐星谈及郑晓廷。他说，郑晓廷对现生鸟的熟悉程度远远超过很多专业学生，“他对不同鸟类幼年、成年的胸骨等结构的差异非常熟悉，这也有助于他理解鸟的身体发育对生殖、飞行等方面的影响。”
徐星表示：“解剖课应该是古生物学研究重要的基础课，但因为经费有限，国内的解剖课被大大简化了。”
