彼时，成立于1995年的神华集团正积极参与到国家层面煤制油项目的筹备中。据《商务周刊》报道，1998年，国务院将大约110亿的煤代油基金划拨给神华集团，这表明，国家将实施煤制油战略的主要任务交给了神华。
2001年，神华集团对外招贤纳士，其中一个高管岗位是主管煤制油工程技术的副总经理。据媒体报道，当时在煤科院担任院长、又一心想当科学家的张玉卓并未考虑此事。但在一个看似“偶然”的安排下，在国外做过多年煤制油研究的张玉卓被神华集团首任董事长叶青纳入麾下。
张玉卓于2002年加盟神华集团后，全面负责神华集团的煤制油战略。其所领导的神华煤制油公司于2003年6月正式成立，注册资金20亿元。随后，张玉卓带领神华煤制油在该领域大展拳脚。
经过多年的发展，神华集团在煤制油化工领域已经形成完整体系，成为全球唯一同时掌握百万吨级煤直接液化和煤间接液化两种煤制油技术的公司。近十多年来，神华集团主要建成并运行了4个大型煤制油、煤化工示范工程：鄂尔多斯煤直接液化百万吨级示范工程、年产18万吨煤间接液化示范工程、年产聚乙烯、聚丙烯各30万吨的神华包头煤制烯烃示范工程和年产聚丙烯50万吨的神宁煤业集团煤基烯烃示范工程。2015年，神华生产各类油品化工品1047万吨。
虽然当前国际油价仍在55美元/桶左右徘徊，但随着作为国家战略储备的神华煤制油项目顺利投运，张玉卓似乎也已完成了他在神华集团的使命。
在今年3月由国务院发展研究中心主办的“中国发展高层论坛2017经济峰会”上，张玉卓表示，“神华集团作为全球第一大煤炭生产商，我们有信心在今后35年，能把煤炭使用到最清洁，最高效。”
