马鹿洞人类化石被发现时，研究人员的精力都集中在距今800至700万年前的元谋古猿的研究，一直持续了十多年，直到完成国家九五攀登计划早期人类起源及其环境背景研究云南课题后，才重新启动马鹿洞人的研究。2008年，吉学平与科诺组成联合团队，开始对封存在蒙自近20年的马鹿洞人类化石进行联合研究。
人类进化大致经历了南方古猿（约1000万年前－200万年前）、能人（约250万年前－150万年前）、直立人（约200万年前－20万年前）和智人（约25万年前－1万年前）四个阶段。其中智人又可分作早期智人（约25万年前－3万年前）和晚期智人（约5万年前－1万年前），晚期智人开启了现代人类的初始。
吉学平团队首先要做的，是对马鹿洞人进行“断代”。碳－14等测定法很精确地把化石主人马鹿洞人的生存年代定位到1.4万年前，但吉学平团队却很意外地发现，马鹿洞人虽然生活在晚期智人盛行的时期，但从头盖骨等化石留存的特征看，他们更像是更早期的人种。
可以确定的是，马鹿洞人是全世界迄今为止发现的一直生存到距现代人最近的古人种，但神秘的探索还远未结束。
