法律行政法规与部门规章不一致
司法机关仲裁机构适用法律很难
李文静梳理还发现一种不一致情况，新法没有就相关内容作出规定，旧有相关规定是否需要继续执行。
比如医疗补助费相关规定。
对于劳动者患病或非因公负伤解除或终止劳动合同，用人单位支付医疗补助费的情形，《劳动部关于实行劳动合同制度若干问题的通知》第22条、《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》第6条、《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第35条，均规定用人单位除支付经济补偿金外，还需支付医疗补助费。但《中华人民共和国劳动合同法》仅规定了用人单位需支付经济补偿，未规定医疗补助费。
实践中，劳动者还因此与用人单位打起了官司。
2011年3月16日，孙某与某公司签订书面劳动合同，约定的劳动期间为2011年3月16日至2013年12月31日止。此后，孙某因患病，自2012年2月27日至2012年11月2日，先后9次住院治疗。另外，自2012年8月27日开始，孙某因病未再到某公司工作。
2013年6月，孙某以其患病住院治疗、某公司在医疗期扣发工资为由，请求解除双方的劳动关系。双方争议的问题之一是，用人单位是否应支付医疗补助费。
一审法院认为，原劳动部为了规范违反和解除劳动合同对劳动者的经济补偿标准，根据劳动法的规定，制定部门规章要求用人单位支付医疗补助费。劳动合同法实施后，上述规章并未被有权机关废止，其第六条关于医疗补助费的规定未与上位法相冲突，仍为有效。
因此，孙某请求某公司支付医疗补助费，法院予以支持。一审判决后，公司提起上诉。二审法院经审理，驳回上诉，维持了一审判决。
李文静认为，虽然劳动合同法未规定医疗补助费，但医疗补助费的功能显然与劳动合同解除终止经济补偿的功能不同，在相关规定未被明确废止的情况下，应当继续适用。
除此之外，李文静还发现，关于用人单位克扣或无故拖欠劳动者工资(未依法及时足额支付劳动者劳动报酬)的法律责任，法律、行政法规与部门规章之间规定不一致；对解除劳动合同后，未依法支付劳动者经济补偿的额外经济补偿金和赔偿金问题，法律、行政法规与部门规章之间规定不一致。
在沈建峰看来，劳动关系法律规范之间的冲突对司法、执法以及劳动者和用人单位等来说，都会带来很大的影响。
沈建峰认为，最大影响在于，增加了司法机关、仲裁机构适用法律的难度，导致同样的案件作出完全不同裁判的现象时有发生，损害了法律的权威。
“降低了劳动者和用人单位对劳动法律规则的可预期性。劳动用工过程中的行为规则不确定，对用人单位来说，一方面导致用工管理成本提高，另一方面具有计划经济企业办社会色彩的用人单位义务规则与市场经济背景下的用人单位规则并存，往往也加重了企业负担；对劳动者来说，保护其利益的法律规则不确定，权益维护的成本增加。”沈建峰说。
