南开大学台港澳法研究中心执行主任李晓兵表示，“一地两检”有关安排是从提高通关效率、维护香港特别行政区长期繁荣稳定角度出发，由香港特区政府与内地有关方面长期沟通协商后作出的最佳安排，符合宪法和香港基本法。
他认为，由于历史原因，香港特区有些居民对内地了解较少，因此对与内地的合作可能产生担忧甚至恐惧心理。全国人大常委会在决定中指出，内地有关机构及其人员只能在西九龙站内地口岸区以内区域执法，这明确了有关人员的执法范围，并不会损害香港高度自治权及港人的自由和权利。
深圳大学港澳基本法研究中心主任邹平学表示，“一地两检”合作安排方案是香港与内地平等互利协商作出的安排，这个方案尊重了香港高度自治权。全国人大常委会作出批准“一地两检”合作安排的决定，是符合宪法和香港基本法的，这种宪制性决定的法律效力不容置疑。
