2008年起，重庆多次提到规划建设的小南海、朱杨溪、石硼等大型水电站，并对小南海水电站启动工程建设论证。
2009年2月，国家农业部组织相关专家，对由重庆市政府提交的报告再次进行论证。报告名长达45字，全称为《长江小南海水电站建设项目对长江上游珍稀特有鱼类国家级自然保护区影响及其减免对策专题研究报告》。
在环保人士看来，这无疑是个危险信号。若要为小南海水电站让路，保护区下游终点须往上收缩22。5公里，将小南海江段彻底划出保护区。小南海 之上的73。3公里江段，保护级别将由缓冲区降为实验区。现行自然保护区相关法条规定，缓冲区一般不允许大规模人工干扰，实验区则可以。
这意味着，被“掐头”的保护区，面临“去尾”危险。学者和环保组织坐不住了。
2009年5月6日，北京大学生命科学院教授吕植、中科院动物研究所副研究员解焱等8位学者，发出公开信《挽救长江珍稀特有鱼类国家级自然保护区》，表达对小南海水电项目的忧虑。
当年10月，“自然之友”“绿家园”等6家环保组织发出公开信，就保护区的调整问题，呼吁环保部组织的专家评审委员慎重决策。
2010年正月初三，张伯驹前往小南海水电站选址地调研。当时，重庆正在“打黑”，张伯驹等人要反对的是重庆市重点工程，会不会遇到麻烦，他心里打鼓。
天黑时分，张伯驹以一身驴友打扮摸进选址地，完成了调研目标。他在工地上睡了一晚，直到凌晨趁工人们还没醒来时，赶紧离开。
2010年11月，在环保部召开的国家级自然保护区评审委员会年度会议上，修改“长江上游珍稀、特有鱼类国家级自然保护区”边界的申请方案获全票通过。会议表决让多家环保组织深表忧虑。
翁立达认为，推进“小南海”的真实意图是GDP，而他个人的态度很明确，重庆因为三峡工程做出了牺牲，应予理解，但“小南海”至少此时不能建，否则对三峡的影响更大。
艰难的博弈：重庆多次强调经济效益
2012年3月29日，重庆市政府举行小南海水电站奠基暨“三通一平”开工典礼。时任三峡集团董事长曹广晶出席奠基仪式。
“对于重庆如此迅速地开展施工，我并不惊讶。我惊讶的是，重庆的动力为什么这么强？”张伯驹说，该工程不仅将阻断长江上游珍稀特有鱼类迁徙繁衍最后的生态通道，对长江上游的水生生态系统造成毁灭性影响，更没有突出的经济效益，得不偿失。
