早在山东期间，她曾短暂分管过政法工作，担任省“扫黄”工作领导小组组长。
吴爱英在担任司法部一把手达12年之久，2016年3月2日至4月30日，中央第六巡视组对司法部党组进行了专项巡视，反馈指出了如下问题——
党的领导弱化，对中央有关决策部署学习领会不够深入、贯彻执行不够到位，推进重点领域改革举措不够及时、有效，存在“中梗阻”现象；
党的建设缺失，坚持民主集中制原则不够，选人用人问题反映较多，基层党组织建设薄弱，律师行业党的建设亟需加强；
对一些单位和党员干部队伍管理松散，有的领导干部违规兼职、档案造假、瞒报个人事项等；
全面从严治党不力，“两个责任”落实不到位，“四风”屡禁不止，部分因公出国（境）团组用“阴阳批件”延期改道，一些单位公款吃喝、滥发津补贴；
办理减刑、假释、暂予监外执行及罪犯转押服刑等方面腐败行为易发多发；
巡视组还收到涉及一些领导干部的问题反映，已按规定转中央纪委、中央组织部和有关方面处理。
巡视中，还发现了司法部政治部主任卢恩光的问题。山东人卢恩光年龄、入党材料、工作经历、学历、家庭情况等全面造假，长期欺瞒组织。他通过金钱开道，一路拉关系买官和谋取荣誉，从一名私营企业主一步步变身为副部级干部。
中纪委专题片《巡视利剑》中提到，卢恩光能调入司法部并成为副部级干部，司法部有关领导有重大责任。当年卢恩光为了经营和领导的关系花了大力气，也因此在组织选拔副部级干部时得到有关领导的多次推荐。
