检方当时认定，舰长林伯泽因离舰参加公务会议，获不起诉。检方认定全案“过失意外”。
“雄风三型”导弹击中“翔利升”号渔船酿成1死3伤，因涉及防务机密，检方2016年8月29日侦结起诉，仅就起诉书摘要部分内容为新闻稿说明，起诉书不对外公开。高雄地院审理，也因涉及防务机密，不公开审判。
导弹原设定攻击目标澎湖海域，发射后寻标器选中在该海域作业渔船“翔利升”号，渔船船身非金属制不够坚硬，导弹无法引爆，贯穿驾驶舱，致船长黄文忠死亡，3名船员受伤，“雄三”导弹落海损坏。
船长黄文忠家属向台湾海军司令部请求赔偿，双方经协议去年11月行政机构核定赔偿黄遗眷3484万元新台币。
