1998 年，孙清云从国办空降到陕西，他历任黑龙江省委组织部副处级干部，省委办公厅副处级、正处级干部，山东省人才开发中心正处级干部，省政府办公厅正处级干部，省委办公厅正处级干 部、副厅级秘书兼秘书一室主任，省委办公厅副主任，国务院办公厅正局级秘书，陕西省西安市委常委、副市长，西安市委副书记、副市长、代市长、市长、市政府 党组书记，省委常委、西安市委书记、市人大常委会主任，省委副书记、省委党校校长(兼)、中国延安干部学院理事会副理事长、第一副院长(兼)。

2015年1月当选政协陕西省第十一届委员会副主席。

中共十七大、十八大代表，十届、十二届全国人大代表，省第十二次党代会代表，省十二届人大代表，省十一届政协委员。

2015年1月，孙清云当选政协陕西省第十一届委员会 副主席。