检察机关认为，孙新身为国家工作人员，利用职务上的便利，挪用公款进行营利活动，数额巨大不退还，并携带挪用的公款潜逃，数额巨大。犯罪事实清楚，证据确实、充分，应当以挪用公款罪、贪污罪追究其刑事责任。 被告人孙新当庭表示对起诉书指控的内容没有异议。
庭审中，他的辩护人指出，单位财务管理上的漏洞是导致孙新走上犯罪道路的原因之一。对此，公诉人认为，孙新的犯罪行为是其主观恶性所造成，客观因素不是主要的。
另据人民网报道，2008年10月，孙新因案情败露，潜逃出境至东南亚地区。同年10月23日，北京市人民检察院第二分院以涉嫌挪用公款罪对孙新立案侦查。
潜逃近7年后，2015年5月，北京市追逃办得到孙新正藏身于柬埔寨的消息，并于当年6月8日将其从柬埔寨押解回国。
