【申思与昔日弟子团聚 自曝假球案仅冰山一角】2005年，上海中远重组阵容，没有与申思续约，申思更诉诸法院向俱乐部索要之前欠薪，最终获得成功。同时申思转会上海中邦，但是之后与俱乐部因为商业宣传等事宜发生矛盾，与队中另一位球星范志毅一起遭到俱乐部处罚，随即宣布退役。
2006年，刚刚退役的申思出任甲级队上海康博群英队(后改名为上海七斗星)主教练。2007年5月由于在甲级联赛战绩不佳，主动辞职。
离开职业足坛后，申思创立了上海幸运星足球俱乐部，专门培养青少年球员。
2009年，刚刚迁回上海的浦东中邦宣布申思出任助理教练兼梯队总教练，申思时隔两年后重返职业足球。浦东中邦在前三轮的开局中只取得了两负一平的战绩令马良行下课，4月15日，申思出任浦东中邦主教练。
