第二阶段，将在第一阶段届满前10个月内，由深圳市交委根据不同情况选择自2019年1月1日零时起采用方式一或方式二执行。若采用方式一，则继续沿用第一阶段的调整方式，若采用方式二，则市交委提前收回上述三条拟调整路段的收费公路权益，深高速不再拥有相关路段的收费权益，同时也不再承担相应的管理和养护责任。深高速预计在第二阶段采用方式一的情况下，本次调整的补偿金额的总额暂定为96。88亿元，如果在第二阶段采用方式二，则有关补偿金额的总额暂定为76。52亿元。
根据协议，市交委将在2015年12月31日前，向深高速支付调整协议下的补偿金额65。88亿元。而深圳市交委发展处相关负责人透露，除支付给深高速公司的之外，四条高速公路政府首期支付总额为97。13亿元。
