吴曦从2013赛季转会到江苏队，在南京一共度过了5个赛季。这5个赛季吴曦联赛的出场记录分别是29场，27场，30场，26场和18场。2017赛季是5个赛季出场次数最低的。
吴曦并不是一个很容易受伤的体质，但是这几年他的伤病逐渐多了起来，2016赛季三次；2017赛季三次。2016赛季第12轮与上海上港队比赛时，埃尔克森试图完成倒钩射门，但吴曦抢先一步头球解围，此时埃神已来不及收腿，他的脚面重重踢在了吴曦的面门，吴曦面部当即血流不止；第23轮与国安的焦点战中，吴曦在与张晓彬跳起争抢高空球时，眉骨位置与张晓彬头部相撞，当即血洒赛场；第25轮，苏宁主场2比0战胜泰达的比赛后，吴曦在自己微博上晒出了小腿受伤的照片，可谓十分的惨烈，小腿肚上直接被鞋钉踩了一个口子掉了一块肉。
2017赛季，国足与伊朗的下半场刚刚开始，伊朗就在前场形成颇具威胁的攻势，吴曦在倒地堵枪眼时被对手膝盖刮了面部，当即鼻梁骨骨折，后来比赛不得不戴着面具出场；随后在跟鲁能比赛之前，吴曦出现八年来第一次肌肉拉伤，不得不缺战；最惨的是7月14日跟天津泰达的比赛中，由于后防线漏人，古德利马上要起脚射门，吴曦冒着风险伸出脚将球解围，换来的是自己被踩伤，休战三个月。
球队有险情，吴曦会奋不顾身，所以是“拼命三郎”，然而受伤太多，吴曦也只能眼睁睁地看着苏宁队今年一直在保级圈中挣扎，这种心情，自然不好受。
