曲靖市对重金属污染防治工作重视不够，即使在国家及云南省有关部门专门督办后，也未引起足够重视。市政府将云南罗平锌电股份有限公司重金属污染整改任务简单安排给县政府承担，当起“甩手掌柜”。罗平县政府对企业危险废物底数不清、监管不力，截至2018年6月，2016年督察指出的近10万吨铅渣危险废物尚未处置，而另一场地又堆存约10万吨含铅、锌、镉等有毒有害物质的钙渣，问题更为严重。
督察强调，大理州委、政府及国土、林业等部门在推进“洱海流域私挖滥采生态破坏”问题整改时不严不实，洱海流域57家非煤矿山中，9家违法生产、27家关停取缔不彻底、19家未开展生态恢复或恢复不到位。大理市出台来料加工企业处置意见将企业恢复生产审核权限下放至乡镇，转移责任，让本该彻底关停取缔的非法企业长期以来料加工之名行违法生产之实，以清理山体塌方为由私挖盗采，生态破坏严重。
专项督察发现，云南省在九大高原湖泊保护治理方面虽然做了许多工作，也取得积极进展，但环湖过度开发、农业面源污染等问题依然比较严重。
“十三五”湖泊保护治理规划进展滞后。九大高原湖泊“十三五”规划项目整体完工率仅为20%。阳宗海“十三五”规划6个重点项目进展严重滞后，应于2017年底前完工的环湖截污工程至今尚未建成，其服务范围内每天有6000余吨污水直排环境。列入程海“十三五”治理规划的部分项目存在“缩水”问题，程海镇污水收集处理提升改造工程规划新增日处理能力5000吨，实际计划建设新增日处理能力仅500吨。
督察表示，环湖周边旅游地产开发强度仍然较大。大理州划定《洱海流域空间规划》和洱海保护“三线”工作滞后，组织实施的多个旅游发展规划未充分考虑当地环境状况。大理市政府擅自允许在保护区内“拆旧建新”，导致核心区大量违章建设，对洱海水质造成明显不良影响。另外，现行九大高原湖泊保护条例部分规定不够严谨，甚至为违规开发建设开口子，保护优先的原则难以落地，需要及时修订。
流域内农业面源污染尚未得到有效管控。大理、玉溪等市(州)未严格按照云南省“十三五”生态农业发展规划要求调整种植业结构，洱海、抚仙湖、星云湖、杞麓湖等流域大蒜、蔬菜、花卉种植面积居高不下，面源污染问题突出。2017年洱海流域开展监测的12条农排沟出水总氮平均浓度超标4倍，其中团结沟总氮浓度最高达11毫克/升，超标21倍；纳入监测的12个主要入湖河流断面中，有6个不达标，严重影响洱海水质。
