二是整改责任不落实。云南省未对整改方案明确的强化饮用水水源地保护任务进行分解，截至2018年5月，全省地级以上城市集中式饮用水水源保护区仍有37个环境问题未整改到位。省农业厅对整改工作推诿敷衍，在禁养区畜禽养殖关闭搬迁工作中不作为，截至2017年12月未实质性开展工作。对一些突出生态环境问题查处问责不力，文山永安环保有限公司长期违法生产，运行记录造假，严重污染环境；丽江古城湖畔国际高尔夫球场违规侵占拉市海高原湿地自然保护区，但当地多次虚报称没有侵占保护区等等；云南省均未及时查处并依纪依法问责。
检查考核宽松软的问题比较多见，2017年制订的全省县域经济发展综合考评指标体系，未能涵盖国家要求的年度生态环保重点工作。红河州2017年度干部考核体系中，生态环保指标权重未达到8%的整改要求，同比上年还有所下降。玉溪市2017年度综合考核中，除沿湖三县(区)生态环保指标权重为7。7%外，其它县(区)仅为1。2%。由于考核不严，导致一些工作难以落实到位，截至2018年5月底，2017年抚仙湖流域已建成的村落污水处理设施近50%不能正常运行；洱海流域已建成的村落污水处理设施约80%不能稳定达标排放。
三是整改工作存在敷衍应付。红河州及个旧市对重金属污染治理工作敷衍应付，个旧市北部选矿园区仍处于土地平整阶段，厂房、污水集中处理设施尚未开工，相关企业难以按期于2018年9月入驻；鸡街片区废渣处置工程尚处于建设阶段，个旧市境内近千万吨冶炼废渣随意堆存，长期得不到安全处置。督察还发现，当地对有色金属行业发展粗放和污染严重问题办法不多、用力不够、能拖则拖，全省173家规模以上有色金属冶炼及压延企业中，仅有15家纳入符合行业规范条件公告；而规模以下企业违法改扩建、违法排污等行为屡禁不止。
昆明市污泥处置问题突出，本应于2017年底前完成整改的污泥处置项目，至“回头看”时仍未投入运行。特别是省住建厅没有组织科学论证，导致该项目设计能力仅为500吨/日，无法满足全市城区每天870吨污泥产生量的需求，大量污泥仍需堆肥处理，环境隐患突出。针对督察指出的丽江市拉市海等自然保护区旅游无序开发问题，丽江市没有采取实质措施，仅将原有54家马场整合为18家，但马场规模和马匹数量并未真正减少，保护区内旅游活动无序发展问题没有改观。
四是表面整改、虚假整改问题明显。省发展改革委未按整改要求组织开展中小水电站清理工作，直至“回头看”进驻时才突击安排部署。昭通市对垃圾污染扰民问题重视不够，推进不力，承诺的整改事项未能如期实施，垃圾无害化处理设施建设进展严重滞后，主城区近百万吨生活垃圾倾倒、堆存于废弃矿坑内，时间长达十余年，严重影响周边居民生活，引发当地居民反复投诉。
