但争议在于，新政以北大、清华本科生为试点。比如很多网友为复旦大学和上海交通大学等高校的学生感到委屈，为什么北大、清华的毕业生可以，在沪的复旦、交大等高水平大学应届毕业生就不可以？为什么是北大、清华的本科生可以，而本科未在两校就读的硕士生、博士生不可以？而这背后还涉及人们对于本硕博三个阶段的教学水平与学生能力的讨论。
虽然，北大、清华每年毕业的数千名本科毕业生中，近80%选择升学深造，20％的毕业生选择直接就业，其中又有一大部分会选择留在北京，真正愿意为了落户而选择上海的并不在多数，但是单单以具有北大、清华本科学历的应届毕业生为试点对象，即便今后可以直接落户的高校毕业生范围不断扩大，它仍然刺激着人们对关于“一考定终身”等高考弊端的敏感神经。
可以理解上海在传统打分机制之外，为高水平高校毕业生落户开辟绿色通道留住人才的初衷，以及先试点、再扩大的谨慎态度，但是政策出台之后，公众的解读难免会走向另外的方向，甚至溢出落户政策之外。难道北大、清华本科生，成了一种身份和特权？民众的这种理解，或许偏颇，却也不是没有缘由。
