出台规划，制定硬标准。山东、江苏两省出台治污实施方案，加强流域综合治理，提升流域环境质量。山东700多家造纸厂减少到10多家，2010年造纸行业化学需氧量排放量比2002年减少62%；江苏沿线关停化工企业800多家，东线工程沿线水质得到极大改善。
完善治污工程配套。南水北调东线治污工程共426个项目，其中山东324个、江苏102个。截至目前，东线一期工程426个治污项目已全部建成。河北省南水北调办有关负责人介绍，中线输水线路与沿线河流立交，不与地表水发生水体交换，周围地表水基本不会对总干渠水质造成污染。中线工程建成包含13个自动监测站、30个固定监测断面的常规指标监测网络，实时监测水质变化。
袁其田介绍，通水以来，南水北调东、中线工程运行稳定，按照“三先三后”原则要求，正确处理了跨流域调水与节水、治污和生态环境保护的关系，经济、社会和生态效益显著。中线水源区水质总体向好，丹江口水库水质为Ⅱ类，中线工程输水水质一直保持在Ⅱ类或优于Ⅱ类。其中Ⅰ类水质断面比例由2015—2016年的30%升至2017—2018年的80%左右；东线工程输水水质一直稳定在Ⅲ类。
