后来，一项调查披露该潜艇撞上了水下一座高6500英尺的海山。这座水下海山未出现在“旧金山”号潜艇绘制航线的地图上，但被其他地图列为“潜在的危险地带”。据称，这片危险地带距离撞击地点仅2海里，“旧金山”号潜艇艇长称，如果早了解到这一情况，他就会对这一潜在的障碍“敬而远之”。
“旧金山”号潜艇官兵使用的地图是由美国国防测绘局于1989年提供的。2008年美国马萨诸塞大学所做的一项研究称，地球资源卫星拍摄的照片显示撞击地区内的一座水下海山已升高至距离水面100英尺的范围内。这份研究报告称，海军的地图没有用新数据进行更新。美国海军认为，由于冷战结束，发生撞击事件的这片区域不是进行测绘的首要地区，为支持全球反恐战争，中东地区则成为测绘的首要区域。
