尽管官兵们负了伤，却对外面的情况一无所知。潜艇艇长及艇员急忙让潜艇浮出水面。艇员们按下了紧急吹气启动按钮，立即将压缩空气送入“旧金山”号潜艇的压载舱内。艇员们并不知道，吹气产生的爆炸力在压载舱的前部挤压出了几个大洞。潜艇原本应当立即上浮，但经过令人痛苦难忍的30秒后潜艇才开始上浮。到11点44分，潜艇才完全浮出水面。
报告称，“旧金山”号潜艇的内壳完好无损，其搭载的48枚水雷和“战斧”舰载巡航导弹也毫发无损。此外，出人意料的是，它的核反应堆同样安然无恙。这艘潜艇开始启程返回关岛。2005年1月10日晚，经过30多个小时的航行后，它回到关岛的阿普拉港。
