两家机构鉴定结果存矛盾
据《意见书》中称，林森浩父亲林尊耀及其律师谢通祥认为，林森浩属于不必立即执行死刑的人，并且原判决认定事实不清、证据不足，程序违法，原判决、裁定、卷宗当中存在几十处疑点与错误，因此请求最高法院不核准林森浩死刑并撤销原判。
林尊耀及谢通祥认为，根据证据显示，司法部科学技术研究所没查到尿液中含有二甲基亚硝胺，但上海市公安局鉴定中心的检验结果查到了二甲基亚硝胺，法院依据矛盾的检验结果作出了死刑判决是错误的，最高法院应该撤销死刑判决。
谢通祥认为，同样一个检材，两个国家级的鉴定机构，做出完全不一样的检验结果，同时交到了法院，两份矛盾的检验结果都不应被法院采纳，而法院却认定了有毒物的检测。
此外，谢通祥律师阅卷发现上海市物证鉴定中心的检验报告中，黄洋的全血中未检出N二甲基亚硝胺。
律师认为鉴定结论存在瑕疵
谢通祥律师称，其通过查阅卷宗，根据林森浩的有罪供述，其是在饮水机水槽下的毒。但相关证据中，没有对饮水机里的饮用水进行鉴定，只有对所谓的 水桶里的水样进行鉴定。谢通祥透露，根据2014年5月29日上海公安机关对黄洋饮用水进行鉴定出具的一份情况说明显示，物证送上海市公安局物证鉴定中心 进行鉴定时，将其中“饮用水数量0。5毫升”的物证写成“饮水机里的水样0。5毫升”。
谢通祥认为，这也证明警方没有对饮水机里的水进行鉴定。谢通祥认为，这一错误没有引起法院的重视。警方将水桶中的水错误地“写成”饮水机里的 水，这种有问题的鉴定是不能作为合法证据使用的。谢通祥介绍，当时送检的水桶里的水，是案发10多天以后堆积在一起的19个桶中的一个，而公安机关并未对 19个桶全部进行检测，因为没有对水桶和饮水机做被告人的指纹鉴定，所以无法确定已经鉴定的水桶是不是被害人的水桶。
律师对林是否投毒存疑
该案二审后，曾出现了更换辩护律师的风波。先是斯伟江退出死刑复核辩护工作，此后林尊耀发表声明，希望唐志坚律师也主动退出辩护，但唐志坚称，自己受林森浩本人直接委托，是否退出要看林本人的意愿。
据记者了解，林父之所以希望斯、唐两人退出，是缘于对两人辩护策略的不满。在这次提交的《意见书》中，林尊耀及谢通祥除去提出尚不能确定黄洋的死亡是否与二甲基亚硝胺中毒有关外，还认为林森浩的认罪口供不稳定，不能采信。
林尊耀在《意见书》中称，6次涉及投毒及毒物的供述都不一致，第一次和第二次未承认投毒，第三次称是福尔马林，第四次是福尔马林和二甲基亚硝胺的混合物，第五次、第六次即一审和二审的口供，也有细节出入。
