郑州千年古村5处文物遭拆事件被包括大河报在内的多家媒体连续曝光后，民间非营利性公益组织中国生物多样性保护与绿色发展基金会对此事极为关注。该组织最早起源于由民政部、中国人民银行、中国科协批准成立的中国麋鹿基金会，2009年更名为中国生物多样性保护与绿色发展基金会。
此前，该基金会曾对8起腾格里沙漠污染事件提起公益诉讼。宁夏回族自治区高院和中卫市中院均以该基金会不是“专门从事环境保护公益活动”的社会组织，以起诉人不符合主体资格为由不予受理案件。而到了2016年1月29日，最高法院对该基金会提起的8起腾格里沙漠污染公益诉讼案作出终审裁定——撤销宁夏回族自治区高院和中卫市中院的民事裁定；由中卫市中院立案受理这8起公益诉讼案件。
马固村拆迁事件发生后，该基金会以公益侵权为由，将上街区峡窝镇马固村村委会、上街区政府、上街区峡窝镇政府、上街区文化广电新闻出版局告上法庭。
