假设当地的抵扣标准是5000元，按照社保、专项附加扣除、起征点的抵扣顺序，如果妻子一方面的收入不足以完全抵扣这5000的贷款利息，那么就应该由丈夫一方来继续抵扣剩余的额度。
还有更为复杂的情况——如果丈夫的收入超过妻子，按照个税的累进税率，税法也应该让夫妻双方选择，谁来优先使用专项附加抵扣额度。
因此，虽然个税在收入端没有采用家庭综合征收，但是支出端本质上是家庭层面的。因此，专项附加扣除的引入，也在实质上推进了家庭联合征收制度。
此外，现有的个税征管基本上是忽视了跨地区的问题。
例如，你在两个以上地区取得收入，这两笔收入的个税是各自征管的。但这次的改革，使得税务机关不得不解决跨地区的问题。
一方面，部分综合制的4项收入（工资、薪金所得，劳务报酬所得，稿酬所得，特许权使用费所得），除了工资薪金之外，其他三项收入都可能来自不同地区。
但在征收过程中，这些收入要统一并入“综合收入”，采用3%-45%的累进税率。因此，只要是综合收入，就必须把多个地区并入同一个系统。
另一方面，专项附加扣除，同样要直面跨地区的问题。
现阶段的劳动力跨地区流动非常频繁，有大量的人口的收入地和消费地是不同的，例如在沿海地区工作的移民，其子女教育在户籍地。这样的话，收入端代扣个税的时候是在沿海地区，但是支出端的专项附加扣除在内陆，年终汇缴就需要跨地区衔接。住房贷款利息的专项抵扣同样也存在类似问题。
