这会让税务机关直面三大难题——自然人、家庭、跨地区。
过去几十年的税收征管历程中，整个税务机关都没有直面自然人的习惯，即使是个人所得税这样与自然人密切相关的税种，也是采取代扣代缴的方式。
虽然有一个年收入12万以上的申报制度，大多数地方也是走走形式，年终申报既不会让你多交税，更不会给你退税。
这次的改革中，综合征税和起征点（基本减除费用标准）的叠加，会让税务机关直面所有的自然人。综合征税，将工资、薪金所得，劳务报酬所得，稿酬所得，特许权使用费所得等4项劳动性所得，统一纳入综合所得，适用统一的超额累进税率。
这一条看上去很简单，以前主要是工资薪金的累进性，其他几项实际上都没有做到彻底的累进，大多数都是比例税率。工资薪金是常规性收入，但是其他几项不是，因此这次的起征点扣除标准是按年计算的（每年6万，不是每月5千），而不是现在的按月计算方式。
但这样一来，四种所得的综合收入就会在月份间有明显的波动。
比如一年中的劳务报酬所得集中在最后一个季度，按照月度的代扣代缴，最后一个季度适用的个税税率就偏高，由于这次的起征点是按年计算，就会产生一个年终统一汇总清算的过程。以后每年的12万收入申报制度，税务机关就会把多缴的税款退给大家。
理想的个税征收模式应该是按家庭综合征收的，此次的个税改革没有在这方面做出调整，但是其中的专项附加扣除会涉及到家庭层面的问题。
子女教育支出、继续教育支出、大病医疗支出、住房贷款利息和住房租金这些专项附加扣除项目，均是家庭层面的支出；因此在抵扣的过程中，就涉及到夫妻双方、甚至是长辈晚辈之间的分配。
例如，夫妻双方共同为一套住房偿还贷款利息，虽然该住房是记在妻子名下，但是实际的利息支出是双方一起承担，住房贷款利息扣除采用的是因城而异的限额抵扣方式。
