港珠澳大桥由于地跨三城这一特殊的地理位置，因此它的通行跟内地其他桥梁相比是有所限制的。据媒体报道，早在2009年，粤港澳实施“珠三角纲要”的联络协调会议上，就曾提出车辆配额。三地交通各有承受能力，针对跨境交通造成的影响，配额能分别控制三地使用大桥车辆数目。最终配额方案，决定三地使用大桥车辆数量。
三地还曾同意逐步放宽过境车辆的管制。在现行的轿车配额制度以外引入一次性特别配额机制，以方便市民驾车跨境往来。
有澳门交通人士指出，澳门交通承受力有限，日后仍会维持最初的方案。绝大部分经大桥赴澳车辆不会进入城区，只能停泊在珠澳口岸人工岛的境外停车场。但也可能意味着，澳门能使用配额数量受限制。配额少，能上桥的车辆就少。即便拥有“两地牌”，日后亦不代表可以使用。
