有过牢狱之灾的邱兴隆在学界较早公开主张“全面废除死刑”。世纪之交，应同门师兄、北京大学法学院教授陈兴良邀请，邱兴隆走上北大讲台，以“死刑的德性”为题阐述观点，这是他首次在公共场合明确提出应立即废止死刑。但在如今的法学界，对待死刑的主流观点是不能马上废除死刑，而是逐步废除死刑，即立法上削减死刑罪名、司法上慎用死刑，通过相当时间的过渡，最终实现死刑的废止。2011年出台的《刑法修正案（八）》削减13个死刑罪名之际，邱兴隆公开撰文提出忧虑，主张应一步到位废除死刑，“越快越好”。
近年来，邱兴隆密切关注聂树斌案、贾敬龙案、于欢案等热点案件，其言行凸显鲜明的人权保障立场。比如，在邱兴隆的帮助下，聂树斌案再审辩护律师李树亭找到了跟聂树斌在同一个监室羁押过的人，此人曾向邱兴隆诉说聂树斌被刑讯的情形，邱将此拍成视频，李树亭2015年将视频提交给了山东省高级法院。2016年下半年，河北石家庄村民贾敬龙因遭遇强拆而报复杀人引爆舆论场，案发后贾敬龙的行为是否构成自首成为一大争议点。邱兴隆就此撰文表示，贾敬龙成立自首，不应判处其死刑立即执行。2017年年初，山东青年于欢刺死辱母者案成为舆论焦点，一审法院的无期徒刑判决冲击民众认知。争议声中，邱兴隆曾撰写《五问刺死辱母者案——限于法教义学的分析》一文，批评一审逻辑混乱、疏于考量、量刑显然失当，呼吁二审予以改判。
邱兴隆会给学生们说起他的经历。他非常认同费孝通说过的一句话——监狱是社会的窗口。有什么样的监狱就有什么样的社会，监狱可以折射出社会的文明程度。
“一个不重视罪犯待遇、不重视生命的国度，文明程度肯定不行。你在杀一个人的时候，就已做出了判断，人是可以被杀的。”邱兴隆说，“宽容是一种美德，爱罪犯就是爱你自己。”
