1987年，海南建省前夕，邱兴隆借论文调查之机与海南大学法学院商定分配去向，后在该院支持下创办书店，决定以商辅学，论文写作就此搁浅。但1989年盛夏，尚未到海南报到的邱兴隆因涉嫌“非法出版”被送至北京市公安局收容审查站，遭羁押185天，这期间，海南大学明确表示不再接收他。此后，高铭暄教授与中国人民大学法律系协商，决定让邱兴隆一年内重写博士论文申请学位，但邱兴隆由于种种原因不辞而别，当起了个体书贩，不料再次入狱。
1993年，经营图书生意的邱兴隆在石家庄追款，对方给了他一批盗版《读者文摘》（百期精华）冲抵债务。时值“扫黄打非”期间，邱兴隆先因涉嫌“非法出版”被收容审查，后又因时任河北省委主要领导的批示被以涉嫌“投机倒把”遭逮捕。三年后，他被石家庄市中级法院以侵犯著作权罪一审判处有期徒刑两年六个月。1998年12月，河北省高级法院终审改判其无罪。羁押期间，邱兴隆在铁窗之中记录所见、所思，透视中国监狱亚文化，反思刑事司法的误区，后出版《刑罚理性导论——刑罚的正当性原论》等共计百万余字的专著。
无罪获释后，36岁的邱兴隆复归学界，到母校西南政法大学执教并重新申请了中国人民大学和西南政法大学的博士学位。此后，他辗转湘潭大学、厦门大学、湖南大学、湖南师范大学任教，并创办醒龙律师事务所，担任名誉主任，还曾获评第四届全国十大杰出青年法学家。
