非常不幸的是，核电站的运行也存在一些严重问题。铀的开采和提纯并不是非常清洁的过程。非正常运行的核电站能够带来大问题。切尔诺贝利灾难是最近的一个例子。切尔诺贝利核电站的设计不良并且运作不当，这场灾难展示了核电站可能发生的最糟糕的情况。切尔诺贝利核电站向大气中泄漏了成吨的放射性尘埃。
核电站的乏燃料在几百年内都是有毒的，并且到目前为止，世界上没有能安全、永久地存储它们的设施。
核电站事故，有那么可怕吗？
核电站发电时所做的事情其实跟火力发电站差不了多少：通过控制铀235的链式反应，将能量以恒定的速率释放出来，将水加热，产生蒸汽；蒸汽驱动汽轮机，汽轮机驱动发电机，产生电能。福岛核电站便是这种“沸水反应堆”（Boiling Water Reactors）。
虽然链式反应的原理与核弹一样，但是核反应堆是不可能像原子弹那样爆炸的。原因很简单：核反应堆的燃料铀不纯，它没有能力产生原子弹式的爆炸。换句话说，在反应堆中只有持续的链式反应，而没有倍增过程，所以反应不会加速，更不会爆炸。
