1994年，奥马尔创建塔利班。这个最初只有800人武装组织在1996年控制了阿富汗90%以上的领土。奥马尔从此成为阿富汗实际上的最高领袖。奥马尔上台后颁布了一系列极端的法令，包括要求女子蒙面，禁止男子剃须等，体现出了其极端伊斯兰主义的思想。
同年，本拉登逃到阿富汗。本拉登也参与过抗击苏军的战争，同样抱有极端伊斯兰主义的思想，年龄也与奥马尔相仿，二人一拍即合。富可敌国的拉登向塔利班提供金钱和武器，而塔利班则为拉登和基地组织提供庇护以躲避美国的追杀。
据拉登传记作者称，1998年奥马尔娶了拉登的大女儿为妻。而拉登后来娶了第四任妻子，据信此人是奥马尔的女儿。
2001年9·11事件后，因为在当政阿富汗期间庇护拉登和“基地”成员，奥马尔成为和拉登并列的美国头号通缉犯，其悬赏金高达1000万美元。美国发动阿富汗战争推翻塔利班政权后，奥马尔与拉登一同逃亡。奥马尔据信是塔利班在此后十余年间与美军及北约军作战的幕后总指挥，但他从此从公共视野中“蒸发”。
根据塔利班发布的奥马尔传记，他目前依然“密切跟踪、关注对抗外国异教徒入侵者的圣战活动。”
2011年，拉登在藏匿10年后最终被击毙，但奥马尔至今不知所踪。
