2008年9月因涉嫌多项腐败丑闻，奥尔默特辞去总理及前进党主席职务，但继续担任看守总理直至2009年以色列国会选举。2009年8月，以色列检察部门就奥尔默特担任耶路撒冷市长及政府部长期间所涉及的腐败丑闻对其正式起诉。[2-3]2012年7月10日，耶路撒冷一家法庭宣布了对奥尔默特的判决，证实他在任以色列贸易和工业部长期间犯下受贿罪。法院晚些时候将裁定对他的量刑。但是，收受美国商人贿赂以及向以色列多家慈善组织重复索取海外旅行费用这两项罪名被判不成立。2014年5月13日，特拉维夫一家法院以收受贿赂罪判处奥尔默特6年有期徒刑。奥尔默特被控于1993-2003年担任耶路撒冷市市长期间，收受当地一家房地产开发商的贿赂，帮助某高档房地产项目缩减审批流程。
以色列特拉维夫地区法院5月13日宣布，以受贿罪判处奥尔默特入狱6年并处罚金100万谢克尔（约合29万美元）。法庭裁决奥尔默特在两起案件中受贿，其中一起是他在担任耶路撒冷市长期间收受贿赂、批准某房地产开发商在耶路撒冷投资一处豪华住宅区。奥尔默特由此成为以色列1948年建国以来首名因腐败获判的前总理。
2015年5月25日，耶路撒冷一家地方法院因贪腐罪名，判处以色列前总理奥尔默特8个月徒刑。奥尔默特的律师已经表示，他们将提出上诉。当年3月，当地法院在另一起贪腐案中裁定奥尔默特欺诈和背信罪名成立，已经判处其入狱6年。该案目前上诉到了最高法院。
