研究瓶颈
标本残缺
对巨型乌贼的研究是一个非常恼人的问题。全世界只有250多个样本可供研究。更令人沮丧的是，这些样本不是残缺不全就是严重损坏。巨型乌贼娇嫩的身体组织极易腐败，而且用来保存它们的化学物质还会使这些组织的有机结构永久改变。正因为如此，每当一个样本送到科学家的手中时，他们只有几天的研究时间。在一般情况下，科学家先是对这些样本进行物理测量，然后把结果归纳起来再与相似物种的已知特征进行比较，从中找到新的知识。奇怪的是，在这些样本中几乎没有雄性和幼年巨型乌贼，这仍然是个谜。
对于巨型乌贼的认识，科学家正一点一点地将人们的发现拼凑起来，以期在将来给我们一个完整的解释。从北大西洋的纽芬兰到苏格兰，甚至在挪威浮冰四布的海面上，居住在这些地区的人都一直在说他们曾经看到过海中怪物。而在南大西洋，如南非的好望角，人们也称看到过巨型乌贼的尸体。在浩瀚无际的南太平洋中的新西兰岛，看到巨型乌贼的尸体倒是经常的事。在过去几年里，当地的渔民在周围的海域就网住了23 只巨型乌贼。
栖息地在深海
科学家推测，这是因为它们可能居住在离海面200-1000米深的地方，这个深度人们很难到达。之所以作出这样的推测，一是因为有渔船进行深海拖网时偶尔捕获到了巨型乌贼，二是人们在抹香鲸的肚子里曾经找到了巨型乌贼的硬质喙--抹香鲸一般在海面下10-1000米的深度捕捉食物，偶尔它们才到海底捕捉食物。
解剖巨型乌贼的尸体，也提供了一些证据。由此可以推知它们一定很好地适应了深海环境--体内没有任何充气组织结构，不用担心潜泳到某一深度时会被压扁，所以可以推测它们一定可以潜得很深很深。我们人类的肺泡和鱼的鳔，这些充气组织会随着压力的变化而膨胀或收缩，所以人在水里不能潜得太深。
一般，一只巨型乌贼在海面上被人发现时，它很可能正在死去。这是因为对巨型乌贼来说，它体内的血蓝蛋白(运输氧气的化合物)在温暖的海水里会变得效率低下，当它一点一点地浮上海面时，水温也一点一点地升高，肌肉也慢慢地变得松弛无力。可想而知，它的命运也就一点一点地被注定了。此外，巨型乌贼的一对直径达25 厘米的大眼睛在黑暗的深海里得到进化，不可能适应海面上的强光，因此，当它浮出海面时会因为大量光线而致盲，变得脆弱不堪。这就是为什么人们不能捕捉到或看到活生生的巨型乌贼的原因。
