其次，在实践中，对于严重违反学术伦理和学术规范、应该承担法律责任的行为，相关机构却往往采取“大事化小、小事化了”的态度，能不惩罚就不惩罚，能不开除就不开除，能行政制裁决不刑事制裁。“通报批评、撤销职务、追回经费”成为处罚科研不端行为的标准“三板斧”，连开除都甚少采取。在学术不端行为的处理中，虽然法律，尤其是刑法要保持适当的谦抑性，但在行政制裁措施不足以威慑和惩罚学术不端行为，且该行为符合了犯罪的构成要件时，需要刑事手段的介入，而不能以其是发生在科学研究领域而有所宽待。但是，我国鲜有采用刑事手段来治理学术不端行为的案例。例如，同样是学术造假、骗取巨额研究经费的行为，韩国黄禹锡案中的当事人不仅受到了行政处罚，而且受到了刑事制裁，而我国“汉芯”造假案件的当事人仅仅受到了撤销行政职务、撤销相关荣誉、追回相应拨款和经费等处罚，并未承担任何刑事责任。这种极其低廉的违法成本，导致法律的威慑力不足。
最后，受传统文化、社会环境等的影响，无论是从思想的层面还是制度和管理的层面，中国社会整体上对学术不端行为的包容度较高。相较于学术道德，高校科研机构更加重视科研的产出。知名教授、研究能力强的科研人员，即便因科研不端行为在一个单位被开除，也很快能找到下一个东家。这在很多对科研不端行为“零容忍”和“终身追责”的国家是无法想象的事情：在这些国家，有学术不端行为的知名教授，基本上都难以在本国的学术圈继续生存下去，也不会有高校聘任一个存在学术不端行为的教授。这种“此处不留爷，自有留爷处”的状况，直接导致规制科研不端行为的法律、法规、规章和制度威慑力不足，治理效果有限。
